Ambientato mesi dopo gli eventi di Mobile Suit Gundam Unicorn, la storia si concentra su due ex Remnants del Principato di Zeon, l'ex sviluppatore di armi Arlette Almage e l'ex pilota collaudatore Danton Hyleg. Entrambi vengono assunti dal team di ricerca della Earth Federation Forces per indagare sui resti della base asteroidale Axis. Ma al loro arrivo, incontrano un Cyber Newtype, Quentin Fermo, che pilota il misterioso mobile suit, il RX-78AN-01 Gundam AN-01. Tristan li attacca per motivi sconosciuti.
