Motoko Kusanagi e os membros da Divisão de Segurança Pública 9 conhecem Takashi Shimamura, que lidera o grupo de refugiados "N". O ano é 2045, quando um ataque pós humano começa nas ruínas de Tóquio, onde a singularidade da evolução se aproxima. O desastre económico que abalou todas as nações e a evolução explosiva da IA mergulharam o mundo numa guerra planeada e sustentável. A fim de impedir os crimes cibernéticos cometidos pelos novos "pós humanos" que surgiram repentinamente na sociedade cibernética, a Seção 9 de Segurança Pública, liderada pela ciborgue protética de corpo inteiro Motoko Kusanagi, dirige-se a Tóquio, que estava em ruínas durante o último guerra. À medida que a ameaça de guerra nuclear devido a um submarino nuclear capturado se aproxima, uma batalha a três entre a Secção 9 de Segurança Pública, a América e os pós humanos intensifica-se.
